Numerosos estudios científicos vinculan la soja con problemas digestivos, desnutrición, disfunción tiroidea, deterioro cognitivo, trastornos reproductivos, así como enfermedades del corazón y el cáncer.

La soja se divide en 2 grupos:

1. Fermentados.
2. No fermentados.

Los productos de soja no fermentados incluyen tofu, edamame y leche de soja, mientas que el miso, natto, tempeh y tamari son productos de soja fermentados.

Todas las sojas (incluso orgánicas, no –OGM) contienen naturalmente antinutrientes, toxinas y hormonas vegetales. 
Hoy en día, al menos el 90% de la soja es cultivada en EEUU y está genéticamente modificada y se la relaciona con los problemas de salud porque mata las bacterias buenas en el intestino y también dañan el funcionamiento del sistema digestivo.

Los productos derivados de la soja o que la contienen en sus ingredientes aportan Fitoestrógenos (estrógenos vegetales) que tienen un efecto similar al estrógeno en el cuerpo, por lo que bloquean la producción normal de estrógenos y se han relacionado con el cáncer de mama.

Dichos productos también contienen Goitrogénicos, específicamente la isoflavona de la soja genisteína. Estos Goitrógenosson bloqueadores de la hormona tiroidea que pueden interferir con la producción de hormonas tiroideas y causar hipotiroidismo.

También llevan antinutrientes como el Fitato (bloquean la absorción de minerales, causando deficiencias de zinc, hierro y calcio), Lectinas y saponinas (vinculadas al síndrome de intestino permeable así como otros problemas gastrointestinales e inmunes), Oligosacáridos (promueven la formación de gases), Oxalatos (promueven los cálculos renales), Inhibidores de la proteasa (interfieren con la digestión de las proteínas y han causado malnutrición, mal crecimiento, dificultad digestiva y pancreatitis).

En algunos estudios se ha relacionado también con la demencia y la enfermedad de Alzheimer.
Provocan dificultad digestiva, bloquean la acción de la enzima pancreática tripsina junto con otras enzimas proteolíticas necesarias para la digestión de las proteínas. Esto se traduce en indigestión, gases, hinchazón, etc.
Otro estudio sobre animales nos indicó el crecimiento y engrosamiento del músculo cardiaco lo que hace que sea más difícil para el corazón bombear sangre.

Tenemos el libro La verdadera historia de la soja. La cara oculta del alimento "saludable" favorito de los americanos, publicado por la doctora Kaayla T. Daniel, especialista en Ciencias de la Nutrición, y de la que, Mónica Gómez Santos, terapeuta holística, en su pág. web, nos muestra sus puntos de vista en una entrevista traducida por ésta. En ella, la Dra. Daniel nos dice cosas como las siguientes:

"Tanto para los niños como para los adultos, las dos peores categorías de productos son la proteína de soja y el aceite de soja. Al contrario que en Asia donde la gente come pequeñas cantidades de productos de soja sin procesar, en occidente se procesa industrialmente la soja para separarla en dos productos: proteína y aceite. No hay nada natural o seguro en dicho proceso. La alta tecnología que se emplea hoy en día no sólo no remueve los anti nutrientes y las toxinas presentes de forma natural en la soja, sino que deja residuos tóxicos y cancerígenos originados por las altas temperaturas, alta presión, baños ácidos y alcalinos, así como disolventes del petróleo... -y sigue- ...los peores derivados de la soja que existen actualmente son los concentrados de proteína de soja, la soja texturizada y la proteína vegetal hidrolizada. Estos ingredientes se encuentran en casi todos los productos procesados: batidos, barras energéticas, hamburguesas vegetales o atún en lata. Los peores productos derivados del aceite de soja son las margarinas hechas con aceite de soja parcialmente hidrogenado que contiene los peligrosos ácidos grasos transaturados... / ...deberíamos ser cautos a la hora de pensar que un alimento cualquiera es un alimento milagroso, especialmente uno que ha sido promovido por los mismos fabricantes, y que por tanto se benefician de este reclamo. Oímos tantas cosas maravillosas sobre la soja, pero la gente necesita recordar que los posibles beneficios no compensan los riesgos demostrados derivados de su consumo. Miles de estudios clínicos y epidemiológicos concluyen que el consumo de soja está ligado a la malnutrición, hipotiroidismo, declive cognitivo, problemas reproductivos y digestivos, debilitamiento del sistema inmunológico e incluso problemas del corazón y cáncer..." También encontramos bastantes aclaraciones, cuando menos curiosas, sobre las verdades y mentiras que se dice sobre la soja en la página con el título Mitos y Verdades acerca de la Soja. En ella se lee: (Mito) La soja es buena para su vida sexual. (Verdad) Numerosos estudios con animales han mostrado que los alimentos a base de soja causan infertilidad en los animales. El consumo de soja promueve el crecimiento de pelo en los hombres de edad media, lo que indica menores niveles de testosterona. El tofu era consumido por los monjes budistas para reducir la libidoY lo dicho hasta ahora es respecto a la soja natural, a la cultivada de forma tradicional y sin los incontables problemas que parece añadir la transgénica, que es realmente la que se produce y consume en muchos países en la actualidad.

No cabe dudas, pues, de que estamos ante un alimento y unos productos derivados que, no sólo no tienen nada de milagrosos sino que, además, parecen presentar multitud de riesgos si se ingieren en determinadas cantidades y de manera habitual. Como decía al principio, aquí en España no forma parte de nuestra dieta, pero, como la avalancha de publicidad es notoria y puede incidir en nuestros hábitos, deberíamos considerar lo que se nos dice en los artículos citados y, al menos, en tanto no haya un pronunciamiento definitivo, claro y preciso, sobre estos productos por las autoridades sanitarias, deberíamos abstenernos o limitar mucho su ingesta.